Código PHP:
<select class="form-chico" id="optionlist" onChange="javascript:changeImage()">
<?
$archivos=array();
$dir=$carpeta;
$directorio=opendir($dir);
while ($archivo = readdir($directorio)) {
// Incluyo chequeo para no almacenar las entradas de directorios ni directorios (is_dir())
if ($archivo==".") { echo " "; } else if ($archivo=="..") { echo " "; } else {
// acomulas los nombres de archivos en un array.
$archivos[]=$archivo;
}
}
closedir;
//================================================================
//Cuentas los archivos
$numero = count($archivos);
//================================================================
// Ordenas tu array:
sort($archivos);
...
Suerte