Hola alesr:
Pues si las carpetas deben ir dentro de el wwwroot, pero, y ahi empiezan los problemas (el trabajo mas pesado en verdad)
:-p , debes asignarles los derechos (lectura, escritura, acceso libre o restringido) a cada cual.
con que lo creastes?, que versión de iis usas?, que sistema operativo, te dije lo mas normal que lleva, segun el sistema te podré decir algo mas especifico.
salu2
;)