Hola,
No recuerdo bien, pero entre ff e ie creo que hay una diferencia en como identifican algunos tipos de archivo.
Código PHP:
<?php
echo $_FILES['archivo']['type'];
?>
Prueba esto donde recibes el archivo, miralo en FF y en IE, observa las diferencias y luego adapta esa validacion que tienes sobre el tipo del archivo.
Saludos.