Me parece que es al revés, está descuadrado en IE.
Yo tuve un problema similar, y pasa cuando hay algún menú, o columna que la oculto desde la administración, pero el en la estructura html, sigue estando la etiqueta DIV de esa columna, vacía, sin datos, pero está ahí. No se si se me entiende.
Si es tu caso, yo lo solucione directamente eliminando de la estructura esa columna, porque no lo voy a utilizar más; si no es tu caso....no se
Eso es lo que se me ocurrió por el momento