P: Como borrar un input file 
R: Por seguridad los campos file no son editables, pero se puede reemplazar por uno nuevo con el DOM 
ver ejemplo:  
Código:
 <html>
	<head>
		<title>
			prueba
		</title>
		<script type="text/javascript">
			function valida(f) {
				if (f.value.substr(f.value.length - 3).toUpperCase() == "JPG")
					alert("Ok")
				else	{
					alert("No");
					siguiente = f.nextSibling;
					fff = document.createElement("input");
					fff.type = "file";
					fff.name = f.name;
					fff.onchange = f.onchange;
					fff.value = "";
					f.form.insertBefore(fff, siguiente);
					f.form.removeChild(f);
				}
			}
		</script>
	</head>
	<body >
		<form action="" method="get" name="f">
			<input type="file" name="jpg[0]" onChange="valida(this)"/>
			<input type="file" name="jpg[1]" onChange="valida(this)"/>
			<input type="file" name="jpg[2]" onChange="valida(this)"/>
			<input type="file" name="jpg[3]" onChange="valida(this)"/>
		</form>
	</body>
</html>
  Se ha tratado el tema en estos enlaces: 
¿cómo pongo un campo file vacio desde javascript? y 
Vaciar un campo de formulario