Truco simple, crea una constante en el "archivo contenedor" y verifica su existencia en todos aquellos ficheros incluidos.
index.php
Código PHP:
<?php
define("CONS_SEGURIDAD", "Irrelevante")
include("contenido.php");
?>
contenido.php
Código PHP:
<?php
if (!defined('CONS_SEGURIDAD')) {
echo "ERROR"; // puedes redirigir... lo que quieras en realidad
exit();
}
echo "Hola Mundo";
?>