Hola, muchas gracias por tu respuesta.
Básicamente el código que utilizao para contar los archivos de un directorio sería el siguiente: 
 Código PHP:
    <?
$dir = "/carpeta";
$dh  = opendir($dir);
while (false !== ($nombre_archivo = readdir($dh))) {
   $archivos[] = $nombre_archivo;
}
 
$total_archivos = count($archivos);
$total = $total_archivos-2;  
?>    
  Ahora mi idea sería contar los archivos que se encuentren en subdirectorios y sumarlos con los del directorio. 
ej: 
Lugares/ (directorio)
.. Lugares 1/ (subdirectorio)
.. Lugares 2/ (subdirectorio)
.. uno.gif (archivo dentro de directorio)
.. dos.gif  (archivo dentro de directorio) 
Saludos