No es posible detener un script y hacer que corra desde donde se quedó porque en php se tiene un lim ite de tiempo de ejecucion que despues de eso se c orta la ejecucion y nada se guarda.
Una solucion para tu problema seria no hacerlo con el php sino con un
Código:
<META HTTP-EQUIV=Refresh CONTENT="10; URL=index.php?offset=[algun valor]">
y asi los separas mediante el offset para que solo lo tengas que ejecutar una vez, te vas a comer, a ver una pelicula o algo y cuando regreses ya está .
Otra opcion es con cronjobs pero creo que te conviene mas la otra