Virtualdubmod junto con el filtro null transform, y usando la opción "cropping". Tienes un manual que puede servirte en
www.mundodivx.com/subtitulos/avi.php pero en tu caso no tienes que añadir los filtros resize y subtitler sino el null transform, y tras añadirlo le das al botón cropping que verás para hacer el corte deseado (recuerda que sea siempre múltiplo de 8, pq 100 no lo es, tendrías que cortar 96 ó 104 que son los múltiplos de 8 más cercanos). El resto del manual incluida la recompresión también tienes que hacerla.