A ver, lo que tenes que hacer con PHP entonces es "poner" ese codigo, o como se dice en la jerga echo'ar eso en el html...
Supongamos que ya definiste un valor pongamosle $valor, que si es 1 sale el mensaje de alerta.
Entonces haces, dentro de <head> y </head>
<?php
if($valor==1){
echo "<script lenguage=\"javascript\" type=\"text/javascript\">
function alerta(mensaje)
{
alert(mensaje)}
</script>";
}
?>
no pones else{} ya que solo queres que haga algo si es =1...
Y ahora, haces algo parecido con lo que yo te decia:
<body<?php
if($valor==1){
echo "onLoad=\"javascript
:alerta()\"&quo t;;
}
entonces en caso de que la condicion se cumpla, te pone los dos codigos...
El primer if() no es imprescindible ya que si no lo haces y dejas el codigo siempre, no se ejecutara y no va a haber problema... Pero el segundo, que es el que lo ejecuta si lo tenes que dejar..
Saludos ;)
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