El trabajo de un FTP no es renombrar los archivos, a menos que lo hagas manualmente. No conozco ningun ftp que te renombre automaticamente los archivos al momento de subirlos, FTP ( es solo transferencia de datos).
Filezilla la version beta tiene esos problemas, no sube los archivos completos se corta e intenta subirlos nuevamente, es un killombo. la version anterior no tiene esos problemas creo que es la 2.2.
Sobre renombrar archivos, he visto por ahi unos scripts que renombran archivos en tu pc, pero la extension. lo veo bien dificil. quizas en
www.hotscripts.com o google puedas encontrar algo.
lamento ser de poco ayuda.
Saludos.