De todas formas, respondiendo a tu pregunta, para hacerlo con php.
Es muy importante saber
donde tienes tu script php. También es muy importante conocer todo el arbol de directorios y es algo que no has dado: se necesita para moverse relativamente por los directorios. Supongamos que tu arbol es así:
Origen:
/home/usuario/httpsdocs/carpeta1/carpeta2/carpeta3/fichero1.txt
Destino:
/home/usuario/httpdocs/carpeta3/carpeta4
Como se puede ver, la carpeta
usuario, es común a las 2 rutas, y de dicha carpeta salen las dos ramas.
Supongamos que tu script de php, el que tiene el copy, está en carpeta2: Código PHP:
copy ("carpeta3/fichero1.txt", "../../../httpdocs/carpeta3/carpeta4/fichero1.txt");
También podrías hacerlo con la función exec() y utilizando el comando cp de linux.
Un saludo.