Hay muchos, el mejor para mi es el SubSync V0.2.5, a lo mejor debe de haber uno más reciente, te recomiendo trabajar en formato Micro-DVD (extensiones .SUB o .TXT es igual)
Este formato trabaja poniendo los subtítulos en un frame determinado del video, por eso debés tener en cuenta que si cambiás el "frame rate" tenés que modificar también los subtítulos. Antes debés hacer un archivo de texto extensión .SUB con la siguiente línea:
Una vez que empecés a editar podés quitar esa línea. El programa te permite trabajar con frames rates de 25, 29,796 y 30. Entonces quizás luego tengás que modificarlo al de tu video, para eso debés usar el Ultimate Subtitle Converter.
Otro formato que podés usar es el SAMI, pero este es menos compatible con la mayoria de los reproductores de subtítulos, por eso mejor el Micro-DVD.
Podés ir a http://www.divx-digest.com ahí podés encontrar de todo en cuanto al manejo de subtítulos.