Puedes hacerlo co virtualdub o virtualdubmod, pero no basta con marcar el full processing mode. Tienes que asignar un codec de compresión al audio desde el menú compression. Te sugiero que te descargues el radium mp3 codec que es un codec mp3 que funciona con virtualdub. Lo único que tienes que hacer es ir a compression, seleccionar el codec, elegir la frecuencia (la misma que tenga el original) y el bitrate (idem), y listo para guardar. Posiblemente te salga repetido el codec mp3, uno vale y otro no, la forma de saber cuál es ver qué opciones te da, uno sólo deja codificar a bitrates y frecuencias bajas y el otro a todas.
www.mundodivx.com/codecs/codecs.php <- Aqui está el codec