Sin ver el codigo o un enlace es difícil diagnosticar, pero por lo que cuentas te esta faltando en pié es la declaración
clear:both intenta incluyéndola en el DIV del pie, y luego nos cuentas que tal.
Cita: Me estoy armando un lío horrible con los margenes, absolutos y relativos
Eso nos pasa a todos al principio y no tan al principio
bienvenido al club del acuario (por lo de pez)