Configuracion de IPs de Dominio con dos servidores W2K

[La_paternal]

Aparentemente, es un problema de DnS tenes que probar como dice tania que los host esten correctamente cargados en los DNS.
Prueba facil, hacer un ping a la direccion IP y despues al nombre FQDN.
Teoricamente te tiene que responder la misma direccion.
Ahora para salir a internet, me parece que como comenta tania estan todos los clientes pasando por el server1, cosa que no la veo necesaria si no esta corriendo ningun proceso por el cual lo tenga que hacer. Deberian apuntar directamente a la direccion interna del linux.
Volviendo con los DNS, una ves que estas seguro que resuelve las direcciones internas correctamente, hay que configurar los renviadores del DNS que van a ser los del ISP. (el linux va a tener que dejar pasar las consultas DNS)
O si el linux esta haciendo de proxy, no necesitas los reenviadores, por que el proxy se encarga de resolver las direcciones de afuera y el Dns interno las direcciones internas.
Mi opinion es que es un problema de DNS y si no un problema fisico.