No, los comentarios condicionales tienes que incluirlos dentro del código HTML:
   Código HTML:
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#div_contenedor{
    min-height: 100px; 
} 
</style>
<!--[if lte IE 6]>
<style type="text/css">
#div_contenedor{ 
    height: 100px; 
} 
</style>
<![endif]-->