Me alegro que funcione
.
Para explicar por qué, hay que entender que hay dos Threads que no lanzas tú y que se encargan de hacer funcionar tu programa y repintarlo:
.- Uno es el "Thread main" que es el que "lanza tu programa" cuando lo llamas, suele usarse para construir la interfaz etc y que normalmente acaba él mismo despues de crear la interfaz.
.- El otro es el "Thread de eventos" (tambien llamado Event Dispatch Thread) que se encarga de tratar los eventos que ocurren en la interfaz y es el que llama a los "listeners" cuando tu haces algo y toca generar un evento para que lo traten. Desde este thread es desde donde hay que hacer modificaciones al GUI, y es el que actualiza los componentes.
Si paras cualquiera de los dos, entonces dejas la interfaz de tu programa "colgada". Por eso las tareas largas es mejor hacerlas en otros Threads (usando SwingWorker por ejemplo) y así dejar a esos dos, principalmente el de eventos, tranquilos.