Fijate que generalmente los CGI generalmente están escritos en PERL, para que funcionen, debes instalar el activeperl y ya, al inastalar el apache ya viene configurado...
Nada más...Ni cygwin, ni microweb, ni perl.con...Solo el intérprete de actriveper que lo bajas gratuitamente de
www.activeperl.com
Ahora bien, no se si se puede poner soporte CGI en eacyPHP, no creoq ue se pueda...
Porque no instalas el apache ?
Saludos