Hasta donde se, el .inc es una manera de diferenciar los archivos comunes de tu aplicacion de los que se utilizan en includes (o requires). Para evitar que el archivo se muestre como texto plano lo colocas como .php y para diferenciar a los archivos comunes de los que se incluyen, les agregas unas letras al nombre del archivo para diferenciarlo del resto.
funciones-inc.php
alta.php
baja.php
modificacion.php
Código PHP:
<?php
//incluimos las funciones
include("funciones-inc.php");
?>
En pocas palabras me inclino por la opcion B, dejar el .php pero agregando una sigla al nombre del fichero.
No se si estoy entendiendo tu duda jeje.
Saludos.