Hola carloss, hay dos pegas en este programa y es que tiene problemas para manejar archivos demasiado grandes; y que al estar desarrollado en frames, y no en minutos y segundos, es más impreciso. Tal vez eso es lo que te está ocurriendo.
Otro programa que puedes utilizar es Audacity, gratuito:
http://audacity.sourceforge.net/download/windows , y aquí tienes una guía de captura y edición de audio:
http://mosaic.uoc.edu/pdf/Captura_y_..._Libres_II.pdf
Espero que esto te ayude.
Saludos.