Hace 2 meses te hubiese dicho que no hay problema con Google porque yo lo he usado en el pasado sin inconvenientes y no había escuchado que nadie tuviera problemas. Sin embargo hace poco sucedió un
caso sobre texto ocultado usando CSS que me dejó preocupado, y aunque no está muy claro en qué exactamente se basó el motor de Google para decidirse por una penalización, está claro que identificó que el texto no era visible en la página y sacó al sitio del índice.
Hoy en día no sé qué recomendar. He investigado y no he podido dar con una explicación clara de lo que el motor reconoce como texto oculto en estos casos, ya que existen muchos sitios usando estos métodos sin problemas. Si tuviera que adivinar, se me ocurre que Google es capaz de reconocer Javacsript y si el texto oculto está vinculado a algún script para mostrarlo a través de interacción, pero esto no es más que especulación mía.
Si fuese un sitio mío probablemente lo haría igual porque lo que sugieres con capas en verdad mejora la interfase para el usuario. Si Google decide banearlo tocará armar un alboroto.
Ojala alguien aquí tenga más información para compartir sobre este tema.
Saludos,
Jose.