Manejo de Sesiones y Base de Datos

[almit80]

Hola a Todos
Tengo un servidor Apache, en el cual tengo declarados dos sitios, que son exactamente iguales, pero con un nombre distinto y cada uno de ellos tiene su propia base de datos, que también son idénticas, pero con un diferente nombre. Esto es porque en la compañía en la que trabajo se necesita que hagan uso de ese sitio dos diferentes departamentos, pero no quieren que comparta información. El problema es que a veces se cruzan las bases de datos. A sitio1 le corresponde base1 y a sitio2 le corresponde base2 y a veces sitio2 puede visualizar información de base1 y visceversa. Los usuarios entran al sitio con un nombre de usuario y contraseña, y cada uno de los archivos inicia con session_start. La base de datos es mysql, que estará mal? Cuando solo hay un sitio no tengo ningún problema, el problema es poner los dos sitios iguales y las dos bases de datos. Gracias