Te recomiendo el programa 7za.exe. Es sencillisimo y puedes utilizar tanto las librerías como el programa en modo comandos. También hay por ahí algunas dll para hacer lo mismo, pero bastante liadillas.
Yo lo utilizo y es sencillisimo. Solo tienes que hacer lo siguiente (p.e.)
Shell "7za a -tzip archive.zip subdir\*"
y para descomprimir:
Shell "7za e archive.zip"
Te lo recomiendo!
www.7-zip.org/es