El programa gratuito "Monkey´s audio" permite convertir de y a .ape, además instala un plugin en el Winamp para poder reproducirlos
http://www.monkeysaudio.com/
Si tienes Winamp podrías bajar el plugin gratuito para convertir a .mp3 este plugin es el "out-lame"
http://out-lame.sourceforge.net/
Todo lo que quedaría es separar los tracks, para ello puedes usar el "mp3DirectCut", programa también gratuito, te dejo la tarea de ubicarlo .