EI!!! Muchas gracias. Me han ayudado mucho vuestros comentarios y estoy aprendiendo mucho de ellos.
Lo he solucionado como sigue:
form html --> cgi recoje datos del form y llama (system) a un programilla en perl y genera un enlace una pagina con los resultados (cgi) --> en este cgi se indica el progreso del analisis y va haciendo un autorefresh o autoload cada x segundos para actualizar el progreso. Cuando ha acabado coloca el enlace al archivo de resultados y para el autorefresh.
Por cierto en perl, no puedes pasar el contenido de un filehandle a un string ($estado = <FILE>), no? pero si a un array (@estado = <FILE>),no?
GRACIAS