A ver si entendí...vos necesitas que en cada insert se le mande un email a cada usuario diciéndole algo como "Hola, te han dado de alta en el sistema, que lindo!"?.
Si es así, vos tenes una iteración ya sobre $data. Si sabes cual es la posición que contiene el email en este array (que seguro lo sabrás) todo lo que debes hacer un mail() ahí mismo...es mas, ya lo tenes hecho, fijate (supongamos en la primer posición es el nombre y la segunda el email):
Código PHP:
$filename = $_SERVER['DOCUMENT_ROOT']."/beheer/excel/".$_GE["filename"];
$handle = fopen("$filename", "r");
while (($data = fgetcsv($handle, 1000, ";")) !== FALSE) {
$query = "INSERT INTO estudiantes VALUES ('". implode("','", $data)."')";
#Envias el email acá, y si necesitas mandarle el código de registro lo obtenes de mysql_insert_id();
mail($data[1], ...);
$query = @mysql_query($query,$database);
Espero haber entendido y de ser así que sirva.