Hola oskarL:
Trataré de ser breve en mis respuestas a tus dudas, espero sean lo suficientemente claras:
Primero: la estructura necesaria para una aplicación web en Tomcat (y otros contenedores Web), es como sigue:
Código:
catalina-home
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+- webapps
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+- miAplicacion
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+- WEB-INF
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+- classes ( paquetes y *.class )
+- lib (*.jar)
+- 'web.xml'
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+- (otros directorios, *.jsp, *.htm, *.html)
donde 'catalina-home' es el directorio raiz de Tomcat (c:\tomcat5.5 por ejem). Y 'miAplicacion' es el directorio de tu aplicación.
Segundo: Tomcat NO lleva un compilador Java, pero Sí lo necesita. Me explico, Tomcat tiene 2 motores para procesar alguna petición: 1º Motor de Servlets, el que sí requiere de un compilador Java (será necesario que configures las variables de entorno JAVA_HOME y CATALINA_HOME) y 2º Motor de JSP's, el cual no requiere de un compilador de Java, sino que toma como entrada el archivo
.jsp y genera un archivo
.java (un servlet); una vez generado ese 'servlet' le pasará la tarea al Motor de Servlets para que busque un archivo
.class (si es que ya existe) o compile el servlet generado, una vez hecho todo este proceso se emite una respuesta al cliente.
Ah, y respecto a tu prueba de un JSP, pienso que debiste tener ya instalado JRE en tu PC, posiblemente en alguna remota actualización que hiciste en algun momento. Ya que para que se ejecute un archivo compilado, como mínimo se requiere JRE.
Tercero: Aunque tu pregunta puede dar lugar a mucho de que hablar, te diré que estás encaminado para construir una buena aplicacion web con estas tecnologías, ya que por lo que comentas, pretendes combinar JSP's y Servlets lo cual es lo más optimo (una razón es la explicacion de los motores), el manejo de esa combinación te dará las bases a manejar otras herramientas de mas alto nivel (frameworks). La forma de invocar esos archivos no es nada complicado: los JSP's invócalos como ya tú conoces en PHP o ASP, en cambio con los Servlets deberás usar el descriptor de archivos (web.xml) para configurarlos adecuadamente y tú definas cómo invocarlos.
Por último recomendarte que leas la documentación que viene junto con Tomcat, la cual te será de mucha utilidad (puedes encontrar un enlace en el index de Tomcat).
Bueno, pues darte ánimos a que continúes.
Saludos