number_format es la solución, es solo cuestión de leer el manual, y las cosas que no se comprenden probarlas. Te hice (si, me agarraste bueno hoy :) ) esta función que te servirá (agregale validaciones si lo crees necesario):
Código PHP:
function getPuntosRut( $rut ){
$rutTmp = explode( "-", $rut );
return number_format( $rutTmp[0], 0, "", ".") . '-' . $rutTmp[1];
}
echo getPuntosRut('12345678-9');