Yo creo Casius se refiere a usar PHP directo dentro de los templates, pero separando el codigo principal de lo que es la vista (patrón MVC), algo asi:
Código PHP:
<html>
<head></head>
<body>
<?php echo link_tag( "Prueba", "paginauno.html" ); ?>
<?php echo $mensaje; ?>
<?php foreach( $carrito as $data ) { ?>
Cantidad: <?php echo $data['cantidad']; ?><br />
Producto: <?php echo $data['producto']; ?><br />
Costo: <?php echo $data['costo_total']; ?><br />
<?php } ?>
</body>
</html>
Todo esto atado a un controlador de fondo donde se levantan las variables de $mensaje, $carrito, etc.