Con un innerHTML no podes cambiar la posición de un div, en todo caso su tamaño, pero siempre arrancara al mismo top/left que tenia antes. De todas maneras, si estas usando otra cosa, la podes obtener con un ejemplo así:
Código:
function test(){
obj = document.getElementById("test");
alert("el top es: " + obj.offsetTop + "\nEl left es: "+ obj.offsetLeft )
}
<a href="javascript:test()">XY</a>
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<div id="test">Content</div>