Hablas demasiado para estar preguntando
(no te lo tomes a mal). Con respecto a la migración, podías haber empleado phpMyAdmin para importar la base directamente, pero ya veo que lo has conesguido satisfactoriamente.
Creo que estás un poco perdido con el MySQL: estas bases de datos se almacenan, como has podido observar, en archivos .frm, bueno, concretamente, una carpeta para cada base de datos que contiene archivos .frm, .MYD, .MYI Y UN db.OPT. Pero no tienes que preocuparte de estos archivos, porque para acceder a la base de datos no tienes que abrir esos archivos, sino hacer peticiones al servidor MySQL, que es quien se encarga de abrir esos archivos, procesar las consultas, etc.
Es lo único en lo que te puedo ayudar, como veo trabajas sobre Windows...
, pero no tengo ni idea de ASP ni Access.
PD: creo que las copias de seguridad sí podrías hacerlas con un archivo por lotes (Batch), empleando la consola del MySQL.
Salu2