En vez de usar un formato nada estándar como 0000:00:00 lo mejor es guardar las fechas y horas en MySQL usando campos
timestamp.
Otra opción, y esto usamos mucho en Drupal, es utilizar campos enteros y vía PHP almacenar Unix timestamps, es decir, el número de segundos transcurridos desde Unix Epoch (January 1 1970 00:00:00 GMT).