El principal problema que veo es que debes normalizar todos tus videos...
1- Cuando metas videos al Encore, deben ser en mpeg2, así te evitas cosas raras.
2- Para editar, dices que tienes AVI's exportados de Premiere... mal, debes exportar en mpeg2 para dvd...
3- Los vob tienes que editarlos??? Esto es un tema aparte, con subtítulos, sin subtítulos, con un audio, con varios audios... ??? exactamente qué y cómo???
Ya con los archivos "como Dios manda" no deberías tener problemas...