Hola Rascayu.
Sobre tu duda, la ventaja de utilizar llaves primarias como auto_increment es que te olvidas de validaciones a la hora de ingresar el còdigo en tu DB, pues si hablamos por medio de php no?, simplemente el motor lo harà por ti, por que sabe lo que debe ingresar. Otra cosa importante, es que nunca se te va a repetir un valor, vas a la fija!.
Espero que te haya servido.
Saludos!