Hola estibaliz2006,
tu script no borra todas las imágenes porque la variable $imagen que tienes ahi se trata justamente de la correspondiente a la primer fila de tu select.
es que has olvidado hacer un ciclo con ese select, asi
Código:
$sql="SELECT imagen FROM libros WHERE obra='".$id."'";
$resultado=mysql_query($sql) or die (mysql_error());
while ($row = mysql_fetch_array($resultado)) {
unlink($row['imagen']);
}
mysql_query("DELETE from libros where obra='$id'") or die(mysql_error());
De esta manera se repite el borrado del archivo por cada fila que te da el resultado. (los corchetes en realidad son innecesarios, pero son para ilustrar mejor el while, en este caso)
Nota que he puesto el query que borra todas las filas afuera del while. No querrás borrar las filas mientras las estás leyendo
sería catastrófico