Claro, es como un controlador. 
Supongamos que tenes la classe MyClass1 y MyClass2, la primera en MyClass1.php y la segunda en MyClass2.php.
Cuando intentes crear un objeto esto llamara a __autoload() y esta ejecutara phlo que tengas dentro, en este caso el include de ambos .php.
Sería lo mismo que hacer: 
 Código PHP:
    <?php
   require_once 'MyClass1.php';
   require_once 'MyClass2.php';
$obj  = new MyClass1();
$obj2 = new MyClass2();
?>    
  
Pero esto con 10 archivos o mas archivos de clases se resume a un único include, es una manera limpia de trabajar. 
Se de formas de hacer controladores un poco mas rebuscadas, pero que es optimo y que no, o si hay una mejor opción lo sabrás haciendo la pregunta en el 
subforo de oop. 
Suerte!