El problema esta en la creacion de tus indices,te falta definir sobre que tabla se creara el indice, aqui te dejo como deberia estar definido el indice:
Código PHP:
create index REFERENCE_1_FK on agencia
(
ID_AGENCIA
);
Otro detalle, el motor ISAM, ya esta algo obsoleto, deberias crear si necesitas tablas de tipo ISAM directo como MyISAM, espero te ayude, cya