Para cambiar esa variable, debes hacerlo mediante un fichero de opciones que debe contener:
[mysqld]
ft_min_word_len=2
y parar el servicio de tu mysql , y reiniciar especificando este fichero de opciones con la opcion defaults-extra-file, aca abajo te dejo 2 enlaces para revisar lo que son ficheros de opciones y el afinamiento de busquedas fullText:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/...ne-tuning.html http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/...ion-files.html
saludos, cya