el smarty te conviene ponerlo dentro del directorio de tu aplicacion. en cada pagina debes invocar a la clase smarty.class.php
Código PHP:
<?
require ('../smarty/libs/Smarty.class.php');
$smarty = new Smarty;
$smarty->template_dir = 'templates/';
$smarty->compile_dir = 'templates_c/';
$smarty->config_dir = 'configs/';
$smarty->cache_dir = 'cache/';
?>
http://smarty.php.net/
saludos