No se esactamente a que te refieres, pero puedes crearlos tu en una capa invisible con el formato que tu quieras, y que por ejemplo si alguien le da a un botón o a cargar la página que se muestre esa capa.
Creo que es la mejor manera que puedes hacer un mensaje de esos "bonitos" y no el típico alert.
Esto es un ejemplo de como quedaria:
Código HTML:
<SCRIPT language="javascript">
<!--
function mensa(){
Mensaje.style.visibility="visible";
};
-->
</SCRIPT>
</HEAD>
<BODY onLoad="mensa();">
<DIV id="Mensaje" style="left:0; top:0; position:absolute; visibility:hidden;">
<TABLE width="100" height="100" border="0" bgcolor="#FFFF99">
<tr><td>
<P>Aqui va el mensaje</P>
<P> </P>
<P> </P>
<P> </P>
<P> <a href="#" onClick="Mensaje.style.visibility='hidden';">x Cerrar</a> </P>
</td>
</tr>
</TABLE>
</DIV>
<P>Al cargar la página sale </P>
<P>Pulsando <a href="#" onClick="Mensaje.style.visibility='visible';">aqui</a> sale el mensaje</P>
</BODY>