Hola
Bellenger!
Toma en cuenta que Javascript es un lenguaje que se ejecuta locálmente en tu máquina y Php es un lenguaje que se procesa en el servidor.
Si quieres pasar un arreglo javascript al servidor, tienes que hacerlo explícitamente, pasando esa información por el método Post o Get ( tendrías que hacer una petición al servidor ), para que php capture ese dato y hagas con el lo que se te antoje.
Puedes también utilizar soluciones como Ajax o emular esa funcionalidad utilizando iframes, para saber más sobre Ajax visita el subforo dedicado a ese tema.
Un saludo! 