Hola mleandro, bienvenido a los foros
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Las ventanas se abren en donde se indica con el atributo target de enlaces y formularios o en lo indicado por el segundo parámetro del método open (window.open)... si no se trata de los open, basta con poner en los enlaces o formularios target="_blank"... pero con open también valdría _blank, pero si no lo permite el caso, debes crear ese atributo con nombres que no se repitan, por ejemplo con funciones que devuelvan valores aleatorios o basados en las fechas...
Saludos
