Bueno.. aqui te paso algo, solo que debes tomar en cuenta que la cantidad de caracteres siempre sera la misma, por ejemplo que el mes si es <10 deberia de llevar un 0 antes (09) de lo contrario no te funcionara
Código HTML:
var cadena = "20061230"; // creo que esto lo puedes cambiar por document.form.campo.value o algo asi :) que es el valor del campo de tu formulario de donde tomas la fecha.
var anno = cadena.substr(0,4);
var mes = cadena.substr(4,2);
var dia = cadena.substr(6,2);
var nueva_fecha = dia+mes+anno;
Espero te sirva.
Salu2,
jars