Ok ya esta solucionado,
La solucion es cerrar la funcion dircpy (sacandolo del bucle) y meter en el bucle de updateWeb
Cita: dircpy($basePath, $source, $dest, $overwrite = true)
de este modo unicamente va variando una variable, en funcion del nombre de la web sin necesidad de reanidar la funcioon dircpy
Gracias y saludos