PHP te devuelve un string, lo que debes hacer para usarlo como objeto js es utilizar eval.
Veamos un ejemplo:
Código PHP:
<?php
$arr = array ('a'=>1,'b'=>2,'c'=>3,'d'=>4,'e'=>5);
$data= json_encode($arr);
?>
<script>
eval('miObjeto =<?php echo $data ?>');
for(i in miObjeto){
alert(miObjeto[i]+'='+i)
}
</script>