Mira viejo si kieres incluir java script dentro de un php solo tienes que hacerlo con un echo "Aqui poner lo que quieras de javascript";
Aqui te voy a dar un ejemplo de como hago onclick dentro de php:
Código PHP:
echo "<a href=\"/fotos/".$damefila["foto"]."\" target=\"_blank\" onClick=\"window.open(this.href, this.target, 'width=300,height=400'); return false;\"><IMG style='WIDTH: 157px; HEIGHT: 134px' height=30 hspace=0 src='fotos/".$damefila["foto"]."' width=28 border=0></a>";
Que esto hace que al darle click a la imagen te salga una popup