Si quieres que esos estilos sólo afecten a ese div lo que tienes que hacer es definir el estilo para el sólo. Sería tal que así:
Código:
#layer1 ul {
margin: 0;
padding: 0;
list-style: none;
width: 120px; /* Width of Menu Items */
border-bottom: 1px solid #000000;
font-family: Verdana;
font-size:10;
}
#layer1 ul li {
position: relative;
}
etc...
En el body lo llamas igual.
<div id="layer1">
</div>