Utiliza esta funcion: array split ( string pattern, string string [, int limit] )
algo asi seria lo que buscas:
Código PHP:
$varPuntos = 453,032.50
$num = split(',',$varPuntos); // $num[0] = 453 | $num[1] = 032.50
$ttlNum = count($num);
for($i=0;$i<$ttlNum;$i++){
$num2 = split('.',$num[i]); //$num2[0] = 453 | $num2[1] = 032 | $num2[3] = 50
}
//y asi tienes para ponerle 3 ceros a 453 y sumarlo a 032...
$final = $num2[0].'000';
$final = $final + $num2[1]; //453032
//y etc... :D
Suerte!