Hola okram, pues la verdad, yo siempre utilizo el tìpico archivo: funciones.php sin separar en archivos los tipos de funciones, hasta ahora, todo ha ido, creo que bien, pues en cuanto a tiempo de ejecuciòn, y ademàs tambièn soy de los que se preocupa por agilizar procesos y tiempo de respuestas.
En mi pequeño saber, separar en archivos los tipos de funciones, en vez de crear uno solo, no creo que influya en la rapidez del proceso.
Y prefiero mil veces, llamar una funciòn desde un archivo difrente, a crearla, declarla y llamarla en el mismo archivo que la voy a utilizar.
Saludos